Ну как один из вариантов можно поставить по ОС на каждый винт, но чтобы в каждую ты заходил под разными учетками. В первой ОС дать на одном из дисков, где она стоит, правила доступа только данной учетной записи. Тогда по идее, зайдя во вторую ОС с другой учеткой, у тебя доступа не должно быть на тот диск с другой виндой. Так же дать права только второму юзеру на только второй диск.
Хотя может и ошибаюсь) На практике не пробовал так делить права при двух установленных ОС

Ах, да. Для верности, я бы при установке каждой системы отключал бы второй винт физически, либо в биосе, чтоб свежая винда вообще про него ничего не знала